La destruction du temple de Serapis (le Serapeum) à Alexandrie est orchestré par des pères de l'église, encouragé par l'édit impérial adressé au préfet de Rome interdisant le culte païen, Théophile, le patriarche d'Alexandrie, a pris les objets cultes qui avaient été trouvés lors de la conversion d'un temple païen et les a méprisés avec mépris dans la rue, les tenant au ridicule. Une émeute a été provoquée, réfugiés dans le Serapeum, les païens d'Alexandrie l'ont fortifié contre les attaques mais des massacres ont été enregistrés.
Rufinus, qui a pu être témoin de certains des événements qu'il décrit, dit que le Serapeum était élevé sur une énorme plate-forme, à une centaine de marches ou plus. "Il y avait une statue de Serapis si grande que sa main droite touchait un mur et sa gauche l'autre [construite pour abriter uniquement la statue, le temple lui-même n'était pas très grand]; ce monstre aurait été fait de tous les sorte de métal et de bois. Les murs intérieurs du sanctuaire auraient été recouverts de plaques d'or recouvertes d'argent, puis de bronze, le dernier une protection pour les métaux les plus précieux "(Histoire ecclésiastique, XI.23).
Clément d'Alexandrie dit :
" Le sculpteur de la statue employa dans son exécution un mélange de divers matériaux. Car il avait des limailles d'or, d'argent, de plomb et en plus d'étain; et de pierres égyptiennes, il n'en manquait pas un, et il y avait des fragments de saphir, d'hématite, et émeraude et topaze. Ayant moulu et mélangé tous ces ingrédients, il a donné à la composition une couleur bleue, d'où la teinte sombre de l'image. (Exhortation aux païens (IV)
On estime que le temple de Sérapis contenait environ dix pour cent de l’ensemble des collections de la bibliothèque d’Alexandrie. Hypatie, une femme philosophe pythagoricienne et fille du dernier membre de la bibliothèque d’Alexandrie. S’en suivent des émeutes entre les différentes communautés et Hypatie est prise par les moines chrétiens, traînée dans les rues et assassinée. Ce meurtre est clairement religieux et philosophique ; philosophique parce qu’Hypatie défend le savoir et la raison contre la foi fanatique. Et religieux parce qu’Hypatie d’Alexandrie est peut-être la représentation la plus désagréable du combat culturelle entre paganisme et christianisme.
Certains considèrent le crime d’Hypatie comme la destruction finale de la Bibliothèque, d’autres reprochent à Théophile d’avoir détruit les derniers parchemins lorsqu’il a rasé le temple de Sérapis avant d’en faire une église chrétienne.